Bədiüzzaman Səid Nursi, ayələrdəki mütəşabih mənaları ağacın yerin altındakı görünməyən köklərinə bənzədir və bu şərhlərin sonsuz hikmət sahibi olan Rəbbimizin insanlara böyük bir lütfü olduğunu söyləyir:
Quranın ayələrinin bir-birinə bağlanmış dairələr şəklində genişlənən mənaları vardır. Bunlar bir-birini kəsən deyil, mərkəzləri eyni olan dairələrdir. Eynilə durğun bir hovuza atılan daşın ətrafında get-gedə genişlənən halqaların yaranması kimi. Məhz əsas məna səhih (açıq) məna olub, digərləri geniş mənalar daşıyan vəziyyətdədir. Yaxud onlar ağacın genişlənən halqaları kimidirlər. Ağac nə qədər geniş gövdəli olsa, o qədər qiymətli olar. Bir ağaca çöldən baxdığımızda onun gövdəsini və budaqlarını görərik. Halbuki, dərində onun qalın kökləri, daha kənarda minlərlə kökcükləri vardır. Quran ayələrinin də səthi (görünüşə görə), dərinliyi, kökləri və kökcükləri vardır. (Məktubat, 502)
Ustadın da dediyi kimi Qurandakı və hədislərdəki bu üstüörtülü izahlar çox fərqli şəkillərdə açıqlana bilər, İslam alimləri tərəfindən şərh oluna bilər.
Bədiüzzaman Səid Nursinin ən çox əhəmiyyət verdiyi mövzulardan biri ayə və hədislərdəki oxşatmaların insanlara müxtəlif şəkillərdə açıqlanmasıdır. Risalə-i Nurda həm ayələr hərtərəfli təfsir edilər, həm də hədislər fərqli şəkillərdə açıqlanar. Hətta Ustad tək bir hədisi bəzən 15-20 fərqli mənalarda təfsir edər. Ustadın bu sözləri mütəşabih elmi üçün çox əhəmiyyətlidir:
... Lakin hədisin Quran kimi mütəşabihatı (bağlı, bir çox mənanı verən izahatlar ehtiva edən ifadələr) var, ancaq havas (irəli gələnlər, seçmələr) onların mənalarını tapa bilər.(Məktubat, 513)
Mütəşabihat, həmçinin incə və müşkül (çətin) istiarələrin (süniləmə, bir sözün mənasını gücləndirmək üçün başqa mənada istifadə etmə) bir qismidir. Çünki mütəşabihat, incə həqiqətlərə surətlərdir (varlığın görünən istiqaməti). (İşaretü-l İcaz, 170)
Bədiüzzaman Səid Nursi bu sözləriylə Quran ayələrinin və hədislərin İslam alimləri tərəfindən fərqli şəkillərdə şərh olunmasının nə qədər əhəmiyyətli və lazımlı bir vəzifə olduğuna diqqət çəkir.
Bədiüzzaman Risalə-i Nurlarda mütəşabih ayə və hədislərin başa düşülməsində İslam alimlərinə çox əhəmiyyətli vəzifələr düşdüyünə tez-tez diqqət çəkir. Bədiüzzaman Məktubatda qeyd edilən aşağıdakı sözündə, Quran ayələrinin bir-birinə bağlanmış, laylı mənaları olduğunu söyləyir və bu ifadələrin İslam alimləri, təfsirçilər və arif kəslər tərəfindən açıqlanmasının zəruri olduğunu ifadə edir:
Quranı-Hakimin cümlələri bir mənaya muhasir (əhatə edən, bürüyən) deyil. Bəlkə bir növ bəşərin ümumi təbəqələrinə (müxtəlif insan siniflərinin əksəriyyətinə) xitab olduğu üçün hər təbəqəyə qarşı bir mənanı əhatə edən (əhatə edən, ehtiva edən) bir külliyyat (bütün) hökmündədir. Bəyan olunan (açıqlanan) mənalar, o küllü qaidənin cüziyyatları (bir bütünün parçaları) hökmündədirlər. Hər bir təfsirçi, hər bir arif, o külliyyatdan bir parça zikr edir. Ya kəşfinə, ya dəlilinə və yaxud məşrəbinə (bolluq alınan yol) istinad edib (söykənərək) bir mənanı seçir... Bunlar ümumən murad və maqsud (niyyət edilən, istənən) ola bilər və onun həqiqi və məcazi mənalarıdır. (Məktubat, 315)
Bədiüzzamanın da ifadə etdiyi kimi gizli mənada verilən ayə və hədislər İslam alimlərinin və digər elm sahibi kəslərin şərhiylə yeni bir həyat qazanır, ancaq hər bir məna bir bütünün parçaları olaraq qəbul edilir.
Bədiüzzaman Səid Nursi bir sözündə Quran ayələrində gələcəyə və elmi inkişaflara dair bir çox işarələr olduğunu söyləyir. Rəbbimizin bu işarələri bağlı şəkildə verdiyini, ancaq İslam alimlərinin şərhləriylə tam olaraq açıqlana biləcəyini ifadə edir:
Quranın bu kimi ifadələri istifadə etməsindəki hikməti anladım. Lakin insanları tövhidə irşad məqsədi güdərkən, kainatdakı həqiqətlərə də işarə etməsi lazım deyilmiydi? Quran əhli- təhqiqi (alimlər) həqiqətə çatdırmaq üçün, işarə və əlamətlər (ifadə edilər) vermişdir. Məsələn, dünyanın fırlandığını açıq bildirməməklə yanaşı, başqa ayələrdə kürə şəklində olub, fırlandığına dair işarələr yerləşdirmişdir.
Elfazı Quraniyə (Quranın sözləri) elə bir tərzdə vəz edilmişdir ki, hər bir kəlamın, hər bir sözün, hər bir hərfin və hətta bəzən bir sükutun çox surəti (üzü) olur. Hər bir həmsöhbətinə ayrı bir qapıdan hissəsini verir (Sözlər, 355)
Bədiüzzamanın da ifadə etdiyi kimi Quran ayələrində bildirilən elmi möcüzələrin böyük bir hissəsi gizli izahatlarla təsvir edilir. Bu möcüzələrin şərhi isə İslam alimləri tərəfindən şərh edilir, beləcə, ancaq indiki vaxtda ortaya çıxan bir çox elmi inkişafın dövrümüzdən 1400 il əvvəl Quranda verildiyi aydın olur.