Homolojinin evrimci temeli, belki de en ciddi olarak, görünürde benzer olan yapıların, farklı türlerde bütünüyle farklı genler tarafından belirlendiği anlaşıldığında çökmüştür. Moleküler düzeyde, her canlı sınıfı özgün, farklı ve diğerleriyle bağlantısızdır. Dolayısıyla moleküller, aynı fosiller gibi, evrimci biyoloji tarafından uzun zamandır aranan teorik ara geçişlerin olmadığını göstermiştir...1
Moleküler düzeyde hiçbir organizma bir diğerinin "atası" değildir, diğerinden daha "ilkel" ya da "gelişmiş" de değildir... Eğer bu moleküler kanıtlar bundan bir asır önce var olsaydı... organik evrim düşüncesi hiçbir zaman kabul görmeyebilirdi.2
Daha kompleks organizmaların genelde basit olanlara göre hücrelerinde daha fazla DNA'ları vardır. Fakat bu kuralın dikkat çeken istisnaları vardır. Amphiuma (amfibiyen), Propterus (bir akciğerli balık) ve hatta sıradan kurbağalar ve kara kurbağaları tarafından geçilen insan ise, liste başı olmaktan çok uzaktır. Neden bu durum bu kadar uzun zamandır bir bilmece olarak kaldı?3