Evrim teorisi, fiziğin en temel kanunlarından biri olan termodinamiğin ikinci kanunu (entropi kanunu) ile açıkça çelişmektedir. (bkz. Termodinamiğin İkinci Kanunu) Deneysel olarak ispatlanmış olan bu teoriye göre evrende kendi haline, doğal şartlara bırakılan tüm sistemler, zamanla doğru orantılı olarak düzensizliğe, yıpranmaya, bozulmaya uğrarlar.
Evrimciler işte bu bilimsel gerçekle ters düşmemek için birtakım kavramları yanıltıcı olarak kullanırlar. Sürekli olarak madde ve enerji giriş-çıkışı olan sistemlerde (açık sistemler) belli bir düzenin oluşabileceğini öne sürerler.
Örneğin rüzgar, tozlu bir odaya girdiğinde daha önce yere tek düze olarak yayılmış toz tabakası, odanın belli bir kenarına toplanabilir. Bu yine termodinamik anlamda eskisine göre daha düzenli bir ortamdır, fakat toz parçacıkları hiçbir zaman rüzgarın enerjisiyle 'kendi kendilerine organize olarak' odanın tabanında bir insan resmi oluşturamazlar.
Aynı şekilde tekrarlardan oluşan düzen, bir daktilonun klavyesindeki "a" harfinin üzerine bir cisim düştüğü için (yani içeri giren enerji akımı ile) yüzlerce kere "aaaaaaaa..." yazabilir. Fakat "a"ların bu şekilde tekrarlı bir düzen içerisinde olması ne bir bilgi içerir, ne de herhangi bir komplekslik. Bilgi içeren kompleks bir harf sıralaması (yani anlamlı bir cümle, paragraf ya da kitap yazmak) için mutlaka bir akla ihtiyaç vardır.
Sonuç olarak doğal süreçlerle hiçbir zaman kompleks ve organize sistemler meydana gelemez. Ancak zaman zaman yukarıdaki örneklerdekine benzer basit düzenlemeler oluşabilir. Bu düzenlemeler de belli sınırların ötesine geçemezler.
Ne var ki evrimciler bu şekildeki doğal süreçlerle kendiliğinden ortaya çıkan düzenlenme (self-ordering) olaylarını evrimin çok önemli bir kanıtı gibi sunmakta ve bunları sözde "kendi kendini organize etme" (self-organization) örnekleri gibi göstermektedirler. Bu kavram kargaşası sonucunda da, canlı sistemlerin doğal olaylar ve kimyasal reaksiyonlar sonucunda kendiliğinden meydana gelebileceğini öne sürmektedirler.
Halbuki organize sistemlerle düzenli sistemler birbirlerinden tamamen farklı yapılardır. Düzenli sistemler basit sıralamalar, tekrarlar şeklinde yapılar içerirken, organize sistemler içiçe geçmiş son derece kompleks yapı ve işlevler içerirler. Ortaya çıkmaları için mutlaka bilinç, bilgi ve tasarıma ihtiyaç vardır. Ilya Prigogine de bu kasıtlı kavram kargaşasına başvurmuş ve içeri doğru enerji akışı sırasında kendi kendine düzenlenen moleküllerin örneklerini, "kendiliğinden organize olma" şeklinde ifade etmiştir. Amerikalı bilim adamları Thaxton, Bradley ve Olsen, The Mystery of Life's Origin (Canlılığın Kökeninin Sırrı) adlı kitaplarında bu durumu aşağıdaki gibi açıklarlar:
... Herdurumda sıvının içerisindeki moleküllerin rastgele hareketlerinin yerini, anında son derece düzenli bir davranış almaktadır. Prigogine, Eigen ve diğerleri buna benzer bir 'kendi kendine organize olma'nın organik kimyanın esası olabileceğini ileri sürerler ve bunun da canlı sistemler için gerekli olan son derece kompleks molekülleri açıklayabilme potansiyeline sahip olduğunu iddia ederler. Fakat bu paralellikler hayatın kökeni sorusuyla alakasızdır. Bunun ana nedeni, bunların düzen ve kompleksliği ayırt etmeyi başaramamalarıdır.140
Yine aynı bilim adamları, bazı evrimcilerin öne sürdükleri "suyun buz haline gelmesi, biyolojik düzenliliğin kendiliğinden ortaya çıkabileceğine örnektir" şeklindeki mantığın yüzeyselliğini ve çarpıklığını şöyle açıklarlar:
Suyun kristalize olup buza dönüşmesiyle, basit bir monomerin milyonlarca yıl içinde polimer halinde birleşerek DNA ve protein gibi kompleks moleküllere dönüşmesi arasındaki benzetme sık sık tartışılmaktadır. Her durumda benzetme açıkça yanlıştır� Isı alçaltılarak termal etki yeterince küçültüldüğünde, atomları birbirine bağlayan güçler, su moleküllerini düzenli kristalize bir dizilime sokarlar. Amino asit gibi organik monomerler ise herhangi bir ısıda, değil düzenli bir organizasyona, birleşmeye dahi tamamen karşı koyarlar.141
Tüm kariyerini termodinamiği evrim teorisiyle bağdaştırmaya adamış olan Prigogine dahi, suyun kristalize olmasıyla kompleks biyolojik yapıların ortaya çıkışı arasında bir benzerlik bulunmadığını kabul etmiştir:
Burada belirtilmesi gereken, izole olmayan (açık) bir sistemde, yeterli düşük sıcaklıklarda düzenli ve düşük-entropi içeren yapıların oluşma ihtimalidir. Bu düzenleme prensibi, kristaller gibi düzenli yapıların oluşumundan ve maddenin hal değişimlerinden sorumludur. Maalesef bu prensip, biyolojik yapıların oluşumunu açıklayamaz.142
140 C.B. Thaxton, W.L. Bradley, ve R.L. Olsen, The Mystery of Life's Origin: Reassessing Current Theories, Philosophical Library, New York, 1984, s.119
141 C.B. Thaxton, W.L. Bradley, ve R.L. Olsen, The Mystery of Life's Origin: Reassessing Current Theories, Philosophical Library, New York, 1984, s.119-120
142 I. Prigogine, G. Nicolis ve A. Babloyants, Physics Today, 25(11): 23, 1972
