Filistin'de her üç dinin mensupları barış ve huzur içinde yaşarken, Avrupa'daki bazı Hıristiyanlar bir "Haçlı" seferi organize etmeye karar verdiler. Papa II. Urban'ın 25 Kasım 1095 günü Clermont Konseyi'nde yaptığı çağrı ile, "Kutsal Toprakları Müslümanlardan kurtarmak" ve asıl olarak da Doğu'nun efsanevi zenginliğine ulaşmak üzere yüz binin üzerinde insan Avrupa'nın dört bir yanından Filistin'e doğru yola çıktı. Uzun ve yıpratıcı bir seferden ve Müslümanlara karşı gerçekleştirdikleri pek çok yağma ve katliamdan sonra 1099 yılında gerçekten de Kudüs'e vardılar. Yaklaşık 5 hafta süren uzun bir kuşatmanın ardından şehir düştü ve Haçlılar kente girdiler. Ve dünya tarihinde eşine az rastlanır bir vahşet gerçekleştirdiler. Şehirdeki tüm Müslümanları ve Musevileri kılıçtan geçirdiler. Bir tarihçinin ifadesiyle "Buldukları tüm Arapları ve Türkleri öldürdüler... Erkek veya kadın, hepsini katlettiler." (Geste Francorum, or the Deeds of the Franks and the Other Pilgrims to Jerusalem, trans. Rosalind Hill, London, 1962, s.91) Haçlılardan biri, Raymund of Aguiles, bu vahşeti "övünerek" şöyle anlatıyordu:
Görülmeye değer harika sahneler gerçekleşti. Adamlarımızın bazıları -ki bunlar en merhametlileriydi- düşmanların kafalarını kesiyorlardı. Diğerleri onları oklarla vurup düşürdüler, bazıları ise onları canlı canlı ateşe atarak daha uzun sürede öldürüp işkence yaptılar. Şehrin sokakları, kesilmiş kafalar, eller ve ayaklarla doluydu. Öyle ki yolda bunlara takılıp düşmeden yürümek zor hale gelmişti. Ama bütün bunlar, Süleyman Tapınağı'nda yapılanların yanında hafif kalıyordu. Orada ne mi oldu? Eğer size gerçekleri söylersem, buna inanmakta zorlanabilirsiniz. En azından şunu söyleyeyim ki, Süleyman Tapınağı'nda akan kanların yüksekliği, adamlarımızın dizlerinin boyunu aşıyordu. (August C. Krey, The First Crusade: The Accounts of Eye-Witnesses and Participants, Pinceton & London, 1921, s. 261)
Haçlı ordusu Kudüs'te iki gün içinde yaklaşık 40 bin Müslümanı üstte anlatılan yöntemlerle vahşice şehit etti. (August C. Krey, The First Crusade: The Accounts of Eye-Witnesses and Participants, Pinceton & London, 1921, s. 262) Filistin'in, Hz. Ömer'den bu yana süren barış ve huzuru, korkunç bir katliamla sona ermiş oldu.
Haçlı ordusu, Kudüs'ü kendisine başkent yaptı ve sınırları Filistin'den Antakya'ya kadar uzanan bir Latin Krallığı kurdu. Ancak Filistin'e vahşet getiren Haçlıların ömrü fazla uzun olmayacaktı. Ortadoğu'daki tüm Müslüman emirlikleri birleştiren Selahaddin Eyyubi, 1187'deki Hıttin Savaşı'nda tüm Haçlı ordusunu bozguna uğrattı.
Selahaddin Eyyubi Hıttin'den üç ay sonra -tam da Peygamberimiz (sav)’in bir gecede Mekke'den Kudüs'e götürüldüğü mübarek Mirac günü- Kudüs'e girerek 88 yıldır Haçlı işgali altında olan şehri kurtardı. Haçlılar, 88 yıl önce Kudüs'ü aldıklarında içindeki tüm Müslümanları şehit etmişlerdi ve bu yüzden bu sefer de Selahaddin Eyyubi'nin aynısını kendilerine yapacağını korkuyla bekliyorlardı. Oysa Selahaddin Eyyubi kentteki Hıristiyanların hiçbirine en ufak bir zarar vermedi. Dahası, sadece Latin (Katolik) Hıristiyanların şehri terk etmelerini emretti; 'Haçlı' kimliğine sahip olmayan Ortodokslar ise şehirde yaşamaya ve diledikleri gibi ibadet etmeye devam edebilirlerdi. İngiliz tarihçi Karen Armstrong, Müslümanların bu ikinci Kudüs fethini şöyle anlatır:
2 Ekim 1187'de Selahaddin ve ordusu Kudüs'e fatihler olarak girdiler; gelecekteki 800 yıl boyunca şehir bir Müslüman kenti olacaktı... Selahaddin (katliam yapmamak üzere) önceden Hıristiyanlara verdiği sözü tuttu ve şehri yüksek İslami prensiplere göre aldı. Kuran'da emredilmiş olduğu gibi şiddetten kaçındı, 1099 yılındaki katliamların öcünü almaya kalkmadı. Tek bir Hıristiyan öldürülmedi, hiçbir yağma yapılmadı. Esirleri serbest bırakmak için istenen fidyeler ise son derece düşük tutuldu... Kuran'da emredildiği gibi, esirlerin çoğunu da hiçbir fidye almadan serbest bıraktı... Selahaddin'in kardeşi El-Adil, bin kadar esirin kendi hizmetine verilmesini istedi ve sonra hepsini -acınacak durumda olduklarını gördüğü için- karşılıksız olarak serbest bıraktı... Şehirdeki zengin Hıristiyanlar, değerli eşyalarını yükleyip şehirden bir an önce gittiler, oysa ellerindeki para, şehirdeki tüm savaş esirlerinin fidyesini ödemeye fazlasıyla yetiyordu. Başrahip Heraclius, herkes gibi 10 dinarlık fidyesini ödedi, sonra da şehri hazinelerle dolu arabalarla terk etti. (Karen Armstrong, Holy War, s. 185)
Görüldüğü gibi Selahaddin Eyyubi ve onun komutasındaki Müslümanlar, Hıristiyanlara karşı son derece adil ve merhametli davranmışlar, hatta onlara kendi liderlerinden çok daha fazla merhamet etmişlerdi.
Kudüs'ten sonra, Filistin'in diğer şehirlerinde de Haçlıların vahşeti ve Müslümanların adaleti sürdü. İngiliz tarihinde büyük bir kahraman gibi tanıtılan Kral I. Richard 1191 yılında, Akra Kalesi'nde aralarında pek çok kadın ve çocuğun da yer aldığı tam 3000 Müslümanı şehit etmişti. Müslümanlar bu vahşetlere şahit olmalarına rağmen, hiçbir zaman aynı yöntemlere başvurmadılar, Allah'ın "Bir topluluğa olan kininiz, sakın sizi haddi aşmaya sürüklemesin" (Maide Suresi, 2) hükmü uyarınca, hiçbir zaman masum sivillere karşı şiddet uygulamadılar. Mağlup ettikleri Haçlı ordularına karşı dahi, gereksiz şiddet kullanmadılar.
Haçlıların vahşeti ve ardından gelen Müslüman adaleti, tarihi bir gerçeği bir kez daha göstermiş oluyordu: Filistin'de farklı inançlara birarada yaşama imkanı veren adil bir yönetim, ancak İslam'ın ahlakının yaşanmasıyla olabilirdi. Bu gerçek, Selahaddin Eyyubi'den sonraki 7 yüzyıl boyunca, özellikle de Osmanlı döneminde ispatlanmaya devam etti.
