Şimdi, üzerinde birçok telefonun bulunduğu bir ofis masası düşünün. Masadaki bütün telefonların kordonları birbirine girip karışmış olsun. Bu kordonları çözüp hangi kordonun hangi telefondan çıktığını anlamak ilk bakışta mümkün olmayacaktır. Proteinler de bazı durumlarda iç içe girmiş bu telefon kordonları gibi hatta çok daha karışık biçimde bükülmeler yaparak birbirleriyle birleşirler.
Birçok protein ancak bu birleşmeyi gerçekleştirdikten sonra görevini yerine getirebilecek hale gelir. Fakat proteinlerin birbirleriyle birleşerek dev moleküller meydana getirebilmeleri için de çok hassas dengelerin sağlanması gereklidir. Böyle olmadığında bir araya gelip bağlanmaları mümkün olmaz. Proteinlerin birleşmeleri için gerekli olan bu uyuma büyük yap-boz oyunlarını örnek olarak verebiliriz. Tek bir parçanın dahi girinti ve çıkıntıları yerine uygun olmazsa, resmi tamamlamak mümkün olmaz. Proteinler için de benzer bir durum söz konusudur. Birleşecek proteinlerden bir tanesinin bile bağlantı şekli uygun olmazsa, dev molekül hiçbir işe yaramaz.
Birleşik proteinlerin vücuttaki görevlerini yerine getirebilmeleri için ayrıca, tam gerekli sayıda birleşmeleri şarttır. Örnek olarak "insülin" hormonunu düşünebiliriz. Bu protein birden fazla amino asit zincirinin birleşmesiyle vücuttaki şeker fazlasını depolama emrinin verilmesini organize eder. İnsülinin yapısındaki bir bozukluk bu molekülü işe yaramaz hale getirecek ve kişinin şeker hastası olmasına neden olacaktır. Çünkü insülin görevini yapmadığı zaman vücuda giren şekerler tam olarak kullanılmadan ve ihtiyaç için depolanamadan vücuttan atılır. Bunun sonucunda ise vücudun işleyişi sırasında gerektiğinde kanda ve depoda şeker bulunamaz. Dolayısıyla hücrelerin ihtiyacı olan enerji karşılanamamış olur. Bu durumda da ölüm kaçınılmazdır.
Günümüz teknolojisinin sağladığı imkanlarla canlılığın moleküllerini araştıran biyokimyacıları hayretler içerisinde bırakan bu moleküller hakkında elde edilen her yeni bilgi, bu benzersiz yaratılışı daha da gözler önüne sermiş ve böyle bir sistem karşısında tesadüflerin mantıksızlığını ortaya koymuştur. Evrimcilerin bu kadar kompleks ve üstün mekanizmalara sahip yapıların tesadüfler sonucunda oluştuklarını iddia etmeleri ve tesadüflere yaratıcı bir ilaha inanır gibi inanmaları, çok önemli bir mantık bozukluğunun göstergesidir. Ancak akıl, vicdan sahibi samimi insanlar gerçekleri görebilenlerdir. Bu gerçek Kuran'da şöyle bildirilir:
"Sizin ilahınız tek bir İlahtır; O'ndan başka İlah yoktur; O, Rahman'dır, Rahim'dir (bağışlayandır ve esirgeyendir)." (Bakara Suresi, 163)
Protein zincirindeki bu bükülmelerin detaylarının önemini gözümüzde canlandırmak için bir örnek verelim. Bu hassas şekillenmeyi ünlü bir Japon oyununa (origami) benzetebiliriz. Bu oyunda üç boyutlu bir şekli elde etmek için iki boyutlu bir kağıt belirli sıralarla katlama işlemlerinden geçirilir. Önceden özel olarak hazırlanmış bir katlama talimatı izleyerek bir gemi maketi ya da bir kuş maketi elde edebilirsiniz. İşte bir proteinin üç boyutlu bir şekilde bükülmesi için de amino asit zincirinin belirli zamanlamalarda ve yerlerde belirli bir miktarda, belirli açılarda ve yönlerde bükülmesi gereklidir. Proteinler de bu oyundaki üç boyutlu şekiller gibidir. Bu oyunun sonunda elde edilmek istenen şekillerin rastgele katlamalarla elde edilmesi imkansızdır. Çünkü bu oyunda kağıdın hangi parçasının, hangi sırayla ne kadar ve ne şekilde katlanacağı, sonuçta elde edilecek her bir şekil için önceden, bu konunun uzmanları tarafından tasarlanır. Tek bir katlamanın dahi yanlış bir sıralamada, yanlış bir yönde veya yanlış miktarda yapılması istenilen şeklin elde edilmesini engeller, ortaya bozuk ve anlamsız bir şekil çıkar. Örneğin uçak şeklini elde etmek için gerekli olan sıralamadaki katlamalardan birini eksik yaptığınızda ya da farklı bir yöne doğru katladığınızda, uçağın kanadı oluşmaz. Proteinler için ise durum çok daha detaylıdır. Bir protein molekülündeki tek bir amino asitin dahi yanlış bir sıralamayla veya yanlış bir yönde birleşmesi, proteinin yanlış bir şekil almasına ve dolayısıyla işlevini yitirmesine neden olur. (Prof. Dr. Engin Gözükara, Biyokimya, Nobel, 1997, Cilt1., s. 157)
Tek başlarına veya bir araya konduklarında bir anlam ifade etmeyen amino asitler, bu bükülmeler ve kıvrılmalar ile önemli bir anlam kazanarak, vücut içinde hayati görevlere sahip olmaktadır. Aynı düz bir kağıdın, bilinçli, planlı ve bir tasarıma götüren kıvırma ve katlamalarla bir gemi veya uçak şekli alarak anlam kazanması gibi... Bu noktada şunu da belirtmek gerekir ki, proteinin yapısı, planlı bir şekilde katlanarak elde edilen kağıttan bir şekilden çok daha kompleks ve organizedir. Dahası, protein molekülü, gözle dahi görülemeyecek, hatta elektron mikroskobunda dahi tespit edilemeyecek kadar küçüktür. Bu kadar küçük bir alana sığdırılan atomlar, önce bir plana uygun olarak dizilmekte, sonra yine bu plana uygun olarak bükülüp kıvrılmaktadır. Bunların hepsi, bilip gördüğümüz hiçbir düzenle karşılaştırılamayacak kadar olağanüstü ve hayranlık uyandıran özelliklerdir.
Böylesine kusursuz, kompleks, birkaç aşamalı ve çok parçalı bir düzenin tesadüfen oluşması açıkça görüldüğü gibi imkansızdır. Üstelik burada anlatılanlar proteinin yapısı ile ilgili sayısız detayın en basitleştirilmiş bir özetidir. Bu gerçek ise, canlılığın en küçük yapıtaşlarında dahi, tesadüfen oluşum iddiasına asla yer olmadığını kesin olarak göstermektedir.
