Miller aygıtlarına aminoasitleri oluştuğu anda yakalayacak bir ilave yaparak onları üretildikleri ortamdan ayırmıştır. Eğer böyle yapmasaydı aynı atmosferik şartlarda o aminoasitler hemen parçalanacaklardı. Halbuki Miller'in bu koruyucusuna benzeyen bir araç ilkel yeryüzünde yoktu.
Miller ve Urey dünyanın eski atmosferini metan ve amonyak karıştırarak kopya ettiler. Onlara göre dünya, metal, kaya ve buzun homojen bir karışımıydı. Oysa son çalışmalarda o zamanlar dünyanın çok sıcak olduğu ve ergimiş nikel ile demirin karışımından meydana geldiği anlaşılmıştır. Böylece o dönemdeki kimyevi atmosferin daha çok azot (N2), karbondioksit (CO2) ve su buharından (H2O) oluşması gerekir. Oysa bunlar organik moleküllerin oluşması için amonyak ve metan kadar uygun değildirler.
"Metan ve amonyak gazlarını içeren bir ilkel atmosfer hipotezinin sağlam temellerden yoksun olduğu ortaya çıktı ve gerçekten de çürütüldü. Artık jeologlar bir başka alternatif görüş benimsediler. Atmosfer ve okyanuslar, volkanlardan çıkan gazlardan oluşmuşlardı."
"Metan (CH4), Azot (N2), çok az miktarlardaki amonyak (NH3) ve su buharından oluşmuş bir atmosfer, ilkel dünya için daha gerçekçi bir atmosferdir. Çünkü amonyak gazı okyanuslarda çözüneceğinden atmosferde çok miktarlarda bulunamazdı."
"Miller deneyinde sadece hayat için gerekli molekülleri (levo amino asitler) elde etmekle kalmamış, aynı anda evrime müdahale eden dextro amino asitlerden oluşmuş uzun bir zincir de elde etmişti."
"Hayatın kökleri üzerindeki 30 yıllık kimya ve moleküler evrim araştırmaları, problemin çözümünden çok, durumun ciddiyetini anlamamıza yolaçtı. Şu andaki teoriler ve deneylerin hepsi ya başarısızlıkla sonuçlanıyor ya da görmek istemediklerimizi ortaya çıkarıyor."
"Eğer protein ve nükleik asit polimerleri öncül monomerlerden oluşacaksa polimer zincirine her bir monomer bağlanışında bir molekül su atılması şarttır. Bu durumda suyun varlığının polimer oluşturmanın aksine ortamdaki polimerleri parçalama yönünde etkili olması gerçeği karşısında, sulu bir ortamda polimerleşmenin nasıl yürüyebildiğini tahmin etmek güçtür."
"Özünde bir Sitokrom-C'nin dizilişini oluşturmak için olasılık sıfır denecek kadar azdır. Yani canlılık eğer belli bir dizilimi gerektiriyorsa, bu tüm evrende bir defa oluşacak kadar az bir olasılığa sahiptir denilebilir. Ya da oluşumunda bizim tanımlayamayacağımız doğaüstü güçler görev yapmıştır. Bu sonuncusunu kabul etmek bilimsel amaca uygun değildir. O zaman birinci varsayımı irdelemek gerekir."
"... Sitokrom-C'nin belirli aminoasit dizilimini sağlamak, bir maymunun daktiloda hiç yanlış yapmadan insanlık tarihini yazma olasılığı kadar azdır -maymunun rastgele tuşlara bastığını kabul ederek."
"Eğer çok sayıda birbirini takip eden küçük değişikliklerle kompleks bir organın meydana gelmesinin imkansız olduğu gösterilseydi, teorim kesin olarak yıkılmış olacaktı."