Darwin'in teorisi 20. yüzyılın ilk çeyreğinde keşfedilen genetik kanunları karşısında tam anlamıyla bir açmaza girmişti. Bunun üzerine Darwin'e sadakat göstermekte kararlı olan bir grup bilim adamı, 1941 yılında Amerikan Jeoloji Derneği'nin düzenlediği bir toplantıda biraraya geldiler. G. Ledyard Stebbins ve Theodosius Dobzhansky gibi genetikçilerin, Ernst Mayr ve Julian Huxley gibi zoologların, George Gaylord Simpson ve Glen L. Jepsen gibi paleontologların uzun tartışmalar sonucunda vardıkları sonuç, Darwinizm'e yeni bir "yama" yapmak oldu.
Bu kişiler, Darwin'in açıklayamadığı ve Lamarck'a dayanarak halletmeye çalıştığı "canlıları geliştiren yararlı değişikliklerin kaynağı nedir?" sorusuna, "rastgele mutasyonlar" cevabını verdiler. Darwin'in doğal seleksiyon tezine mutasyon kavramını ekleyerek yeni bir teori ortaya attılar. Bu yeni teori "neo-Darwinizm" (ya da Modern Sentetik Evrim Teorisi) olarak anılmaya başlandı.
Bundan sonraki on yıllar, neo-Darwinizm'i ispatlamak için yapılan umutsuz girişimlere sahne oldu. Mutasyonların, yani bir canlının genlerinde dış etkenler sonucunda meydana gelen kopma, yer değiştirme ve bozulmaların, her zaman için hasara yol açtığı biliniyordu. Ancak yine de neo-Darwinistler binlerce deney yaparak "faydalı mutasyon" örneği oluşturmaya çalıştılar. Tüm bu çabalar hep fiyasko ile sonuçlandı. (bkz. Mutasyon: Hayali bir mekanizma)
Neo-Darwinistler, öte yandan da, ilk canlı organizmaların, teorinin iddia ettiği gibi ilkel dünya koşullarında tesadüfen ortaya çıkmış olabileceğini ispatlamaya çalıştılar. Ancak aynı fiyasko bu alanda da yaşandı. Canlılığın tesadüfen ortaya çıkışını ispatlamayı hedefleyen deneylerin hepsi başarısız oldu. Olasılık hesapları, canlılığın yapıtaşı olan proteinlerden tek bir tanesinin bile tesadüflerle oluşamayacağını ortaya koydu. En küçük canlı birimi olan hücre ise -evrimcilerin iddia ettiği gibi- ilkel ve kontrolsüz dünya koşullarında rastlantılar sonucu oluşmak şöyle dursun, 20. yüzyılın en ileri teknolojilerine sahip laboratuvarlarında bile oluşturulamadı.
Neo-Darwinist teori, bir yandan da fosil kayıtları tarafından hezimete uğratıldı. Yıllar süren arkeolojik çalışmalarda bulunan fosiller arasında, neo-Darwinist teorinin öne sürdüğü gibi, canlıların ilkel türlerden gelişmiş türlere kademe kademe evrimleştiğini göstermesi gereken "ara geçiş formları"na dünyanın hiçbir yerinde rastlanamadı. Yürütülen karşılaştırmalı anatomi çalışmaları ise, birbirlerinden evrimleştikleri varsayılan canlıların çok farklı anatomik özelliklere sahip olduklarını ve asla birbirlerinin atası ya da devamı olamayacaklarını gösterdi.
Neo-Darwinizm bilimsel bir teori değil, ideolojik bir dogma, hatta bir tür "din"di. Öyle ki neo-Darwinist teorinin en önde gelen kurucularından biri olan Julian Huxley, 1958'de yayınladığı Religion Without Revelation (Vahiysiz Din) adlı kitabında bunu açıkça ifade etmişti. Huxley, evrimin neden bir din olduğunu bir başka yazısında şöyle açıklıyordu:
Bir din, temelinde dünyanın geneline yönelik ve hepsini kapsayan bir bakış açısıdır. Dolayısıyla evrim, bir zamanlar Allah'a inancın üstlendiği fonksiyonu yerine getirebilir, yani insanoğlunun inanç ve umutlarını koordine eden güçlü bir prensip olabilir.131
İşte bu nedenle, evrim teorisinin savunucuları bütün aleyhte delillere rağmen teoriyi savunmaya hala devam etmektedirler. Onlara göre evrim, kendisinden asla vazgeçilemeyecek bir inançtır.
131. Julian Huxley & Jacob Bronowski, Growth of Ideas, Prentice Hall, Inc. Englewood Cliff, 1986, s. 99.