Günümüzde modern bilim, maddenin en küçük birimi olarak bilinen atomun parçalara ayrılabileceğini ortaya koymuştur. Henüz geçtiğimiz yüzyılda ortaya çıkan bu gerçek, Kuran'da bundan 1400 yıl öncesinde insanlara haber verilmiştir:
... Göklerde ve yerde zerre ağırlığınca hiçbir şey O'ndan uzak (saklı) kalmaz. Bundan daha küçük olanı da, daha büyük olanı da, istisnasız, mutlaka apaçık bir kitapta (yazılı)dır. (Sebe Suresi, 3)
... Yerde ve gökte zerre ağırlığınca hiçbir şey Rabbinden uzakta (saklı) kalmaz. Bunun daha küçüğü de, daha büyüğü de yoktur ki, apaçık bir kitapta (kayıtlı) olmasın. (Yunus Suresi, 61)
Dikkat edilirse yukarıdaki ayetlerde "zerre"den ve bundan daha da küçük parçalardan söz edilmektedir. Arap dilinde kullanılan "zerre" kelimesi, "insanların bildiği en küçük parçacık, toz, atom" anlamlarını taşımaktadır. Günümüzden 20 yıl öncesine kadar, atomları oluşturan en küçük parçacıkların protonlar ve nötronlar oldukları sanılıyordu. Ancak çok yakın bir tarihte, atomun içinde bu parçacıkları oluşturan çok daha küçük parçacıkların var olduğu keşfedildi. Atomun içindeki "alt parçacıkları" ve onların kendilerine has hareketlerini incelemek üzere "Parçacık Fiziği" isimli bir fizik dalı ortaya çıktı. Parçacık fiziğinin yaptığı araştırmalar şu gerçeği açığa çıkardı:
Atomu oluşturan proton ve nötronlar da aslında "kuark" adı verilen daha alt parçacıklardan oluşmaktadırlar. İnsan aklının kavrama sınırlarını aşan küçüklükteki protonu oluşturan kuarkların boyutu ise hayret vericidir: 10-18 (0,000000000000000001) metre.
Bu konu ile ilgili dikkat çekilmesi gereken bir diğer nokta ise, zerre ile ilgili bu ayetlerde özellikle ağırlığa dikkat çekilmesidir. Ayette geçen "miskale zerretin" (zerre ağırlığınca) ifadesindeki, "miskal" kelimesi ağırlık anlamındadır. Nitekim atomu bölünebilir hale getiren proton, nötron ve elektron gibi parçaların, aynı zamanda atoma ağırlığını veren bileşikler olduğu keşfedilmiştir. Bu bakımdan "zerre"nin boyutlarına ya da başka bir özelliğine değil de, ağırlığına dikkat çekilmesi Kuran'ın ayrı bir bilimsel mucizesidir.
