Het tweede concept wat de voorstanders van de ''onderbroken evolutie'' benadrukken, is het concept van ''kleine populaties''. Volgens dit concept is het ontstaan van nieuwe soorten alleen maar mogelijk bij gemeenschappen die erg weinig dieren- of plantensoorten bevatten. Volgens deze bewering vertonen de populaties die veel dieren bevatten, geen evolutionaire ontwikkeling en behouden hun stabiliteit. Echter, als sommige kleine groepen deze populaties verlaten, raken zij geïsoleerd (algemeen aangenomen door geografische oorzaken) en kunnen zich uitsluitend onderling voortplanten. Er wordt beweerd dat macro-mutaties effect hebben op deze kleine groepen, omdat ze zich alleen onderling voortplanten, en op deze manier een snelle "soortvorming" ontstaat.
Waarom blijven de voorstanders van de onderbroken evolutie aandringen met het kleine populaties concept? Het antwoord is duidelijk: Hun doel is om het volgende: de ontbrekende tussenvormen in het fossielenarchief "uit te leggen". Dit is de reden waarom ze aandringen dat ''evolutionaire veranderingen in zeer kleine populaties zeer snel hebben plaatsgevonden, waardoor er onvoldoende fossiele bewijs is.''
Wat de wetenschappeljke experimenten en observaties van de laatste jaren openbaren, is dat de kleine populaties genetisch gezien nadelig zijn voor de evolutietheorie. Buiten het feit dat kleine populaties geen nieuwe soorten doen ontwikkelen, zorgen kleine populaties voor ernstige beschadigingen in de genen. De reden hiervan is, dat individuen zich in kleine populaties voortdurend voortplanten in een kleine genenpoel. Om deze reden worden individuen die normaal " heterozygoot " zijn steeds meer "homozygoot". Hun -normaal gesproken recessieve- beschadigde genen worden dominant, waardoor steeds meer genetische beschadigingen en ziektes ontstaan in de populatie.
Om dit onderwerp te onderzoeken, zijn kippen 35 jaar lang geobserveerd. Deze observaties hebben vastgesteld, dat de kippen die in een kleine populatie werden gehouden genetisch steeds zwakker werden. Bij de kippen daalde de eierproductie van 100% naar 80%, en het voortplantingspercentage van 93% naar 74%. Maar door bewuste menselijke ingreep -door kippen van andere gebieden de populatie in te brengen- was de genetische inkrimping gestopt, en de kippenpopulatie begon zich weer te normaliseren.
Deze en gelijksoortige bevindingen tonen duidelijk aan dat er geen wetenschappelijke geldigheid is in de bewering dat kleine populaties de bron van de evolutionaire ontwikkeling zijn, waar aanhangers van de onderbroken evolutie zich achter verschuilen. James W. Valentine en Douglas H. Erwin hebben de onmogelijkheid van de vorming van nieuwe soorten door middel van het onderbroken evenwicht als volgt vermeld:
De vereiste snelheid van de verandering is een paar grote stappen, of veel en extreem snelle, kleinere stappen. Grote stappen zijn gelijkwaardig met sprongmutaties, en krijgen problemen met geschiktheidsbarrières; er moeten ontelbare kleine stappen zijn, en dit brengt de problemen met zich mee wat gediscussieerd wordt onder micro-evolutie. Perioden van stabiliteit verhogen de mogelijkheid dat de fossielen van de afkomst terug te vinden zijn in het fossielenarchief, en we herhalen hier nogmaals dat we geen van de veronderstelde tussenvormen kunnen identificeren.
Tot slot, het grote aantal soorten die opgewekt zouden moeten worden om een grote pool te vormen waaruit de succesvolle afkomst geselecteerd moet worden zijn nergens te vinden. We concluderen dat de kans dat de soortenselectie een algemene oplossing is voor het ontstaan van hogere taxa niet groot is, en dat geen van de betogende theorieën van evolutionaire veranderingen op het niveau van soorten, fyletische geleidelijkheid of onderbroken evenwicht, van toepassing lijken te zijn op het ontstaan van nieuwe lichaamsplannen.
