Evrimciler, Darwin'den bu yana, farklı canlı türlerinde yer alan ancak birbirlerine benzeyen organların, teorilerine delil oluşturduğunu öne sürerler. Örneğin, bu iddaya göre, güvercinlerin de kanatları vardır, kartalların da kanatları vardır; demek ki güvercinler, kartallar ve bunlar gibi kanatlı tüm kuşlar ortak bir atadan evrimleşmişlerdir. Evrimciler bu benzerliğe "homoloji" adını verirler.
Oysa homoloji, yalnızca dış görünüşlerden yola çıkılarak ortaya atılmış yüzeysel bir varsayımdır. Son yıllardaki araştırmalar ise, bu varsayımın hiçbir bilimsel temeli olmadığını göstermiştir. Sırayla;
1- evrimcilerin hiçbir evrimsel bağ kuramadıkları, bütünüyle farklı sınıflara ait canlılarda bile ortak homolog (benzer) organların var olması,
2- homolog organlara sahip canlılarda, bu organların embriyolojik gelişim aşamalarının birbirinden çok farklı olması ve
3- homolog organlara sahip canlılarda, bu organların genetik şifrelerinin çok farklı olması homolojinin evrime hiçbir dayanak teşkil etmediğini ortaya koymuştur.
Bu üç madde arasında özelikle sonuncusu çok önemlidir. Çünkü benzer organlar tamamen farklı genler tarafından yönetildiğine göre, bu organlar arasında evrimsel bir ilişki aramak imkansızdır. Avustralyalı biyokimya profesörü Michael Denton bu gerçeği, "homolojinin evrimci temeli belki de en ciddi olarak, görünürde benzer olan yapıların, farklı türlerde bütünüyle farklı genler tarafından belirlendiği anlaşıldığında çökmüştür" diyerek açıklar.69
Homolojinin Moleküler Çöküşü
Son yıllarda DNA ve protein yapıları üzerinde yürütülen araştırmalar, görünüşte benzer olan canlılar arasında büyük moleküler farklar olduğunu göstermiştir. Örneğin protein yapısına göre yapılan karşılaştırmalara göre, iki ayrı sürüngen türü arasındaki fark, bir balıkla bir kuşun ya da bir balıkla bir memelinin arasındaki farktan daha büyüktür. Bir başka araştırma, kuşlar arasındaki moleküler farklılıkların, aynı kuşlarla memeliler arasındaki farktan büyük olduğunu göstermiştir. Birbirine çok yakın gözüken bakteriler arasındaki moleküler farklılığın, memeliler ile amfibiyenler ya da böcekler arasındaki farklılıktan daha büyük olduğu bulunmuştur.70