Prva od veoma različitih Isaovih mudžiza koje se spominju u Kur'anu bila je njegov neuobičajeni dolazak na svijet, odnosno neposjedovanje oca, a potom njegov govor u bešici i saopćenje da će biti pejgamber. Zapravo, ove dvije mudžize su na sasvim jasan način dokazivale Isaovu izvanrednost - pošto je veoma mudro pričanje djeteta odmah nakon rođenja moguće jedino uz pomoć Allahove mudžize:
Kad Allah rekne: "O, Isa, sine Merjemin, sjeti se blagodati Moje prema tebi i majci tvojoj: kada sam te Džibrilom pomogao pa si s ljudima, u bešici i kao zreo muž, razgovarao; i kada sam te pismenosti i mudrosti, i Tevratu i Indžilu naučio... (Al-Ma'ida, 110).
Mudžize koje se u Kur'anu iznose, a koje su u vezi sa Isaom, a. s., su slijedeće:
... i poslati kao poslanika sinovima Israilovim: "Donosim vam dokaz od Gospodara vašeg: napravit ću vam od ilovače nešto poput ptice i puhnut ću u nju, i bit će, voljom Allahovom, prava ptica. I iscijelit ću slijepa od rođenja, i gubava, i oživljavat ću mrtve, voljom Allahovom, i kazivat ću vam šta jedete i šta u domovima svojim gomilate; to će, uistinu, biti dokaz za vas, ako pravi vjernici budete (Ali 'Imran, 49).
Unatoč svih ovih izvanrednih događaja i činjenica, jedan dio njegovog naroda ostao je istrajan u svom nevjerovanju i negiranju Boga. Govoreći da ono što Isa radi nije ništa drugo do "majstorske čarolije", optužili su ga za vračanje.
Period u kojem je poslat Isa, a. s., bio je period u kome su sinovi Israilovi i u političkom, i ekonomskom, a i u socijalnom pogledu bili u velikoj krizi. Sa jedne strane - nemilosrdna vlast u zemlji u kojoj su živjeli, sa druge strane - različita vjerska i sektaška razilaženja... U jednom ovako teškom metežu ljudi su, sasvim uobičajeno, nastojali pronaći put spasa.
Očekivani spasitelj bio je Isa, a. s. Da bi njega i njegovu majku, hazreti Merjemu, predstavio svim sinovima Israilovim, Allah, dž. š., učinio je da Isa, a. s., progovori dok je još bio u bešici, i na taj način je sinovima Israilovim obznanio da je stigao očekivani pejgamber. Na kraju su ga svi doživljavali kao nadu spasa.
Međutim, bilo je, naravno, i onih koji su iskazivali protivljenje Isau, a. s. Pristalice ateističkog sistema tog vremena doživljavali su ga kao opasnost. Iz tog razloga su, odmah nakon što su saznali za Isaa, a. s., krenuli u akciju i načinili planove za njegovu likvidaciju. Sva ova nastojanja bila su osujećena i osuđena na neuspjeh još u samom početku. Međutim, oni nikada nisu odustajali od ostvarenja tog cilja; predstavljali su jedne od najžešćih Isaovih neprijatelja tokom njegovog perioda poslanstva.
Uza sve to, oni koji su pokazivali protivljenje Isau, a. s., nisu bili ograničeni samo na ateiste. Nakon što je počeo sa dostaljanjem Objave, većina jevrejskih svećenika tog perioda su, iz različitih razloga, zauzeli neprijateljski stav prema Isau, a. s. A jedan od najbitnijih razloga tome je Isaov poziv da žive izvornu vjeru. I čim je počeo sa dostavljanjem Objave, optužili su ga za nastojanje da sruši njihovu vjeru. Međutim, ono čemu se uistinu protivio Isa, a. s., bile su odredbe koje je svećenička jevrejska klasa naknadno uvrstila u vjeru. čineći dozvoljenim ono što im je bilo zabranjeno i zabranjenim ono što im je prethodno bilo dozvoljeno, sinovi Israilovi su u potpunosti degenerirali svoju izvornu vjeru. I, Allah, dž. š., im je, kao pejgambera, poslao Isa, a. s., da bi dokinuo ove odredbe koje su oni uvukli u vjeru. On je svoj narod pozivao da se pridržavaju Indžila koji je potvrđivao prethodno objavljeni, izvorni Tevrat.
Ovu činjenicu Allah, dž. š., na slijedeći način saopćava u Kur'anu:
... i da potvrdim istinitost Tevrata, objavljenog prije mene, i da vam dopustim nešto što vam je bilo zabranjeno. I donosim vam dokaz od Gospodara vašeg - zato se Allaha bojte i mene slušajte (Ali 'Imran, 50).
U jednom drugom ajetu Allah, dž. š., također, saopćava da je Indžil, sveta Knjiga objavljena Isau, a. s., Knjiga koja je potvrđivala Tevrat objavljen prije njega, koja je predstavljala uputu vjernicima i koja je osigurala da oni naprave razliku između ispravnog i pogrješnog, dozvoljenog i zabranjenog:
Poslije njih poslali smo Isaa, sina Merjemina, koji je priznavao Tevrat prije njega objavljen, a njemu smo dali Indžil, u kome je bilo uputstvo i svjetlo, i da potvrdi Tevrat, prije njega objavljen, u kome je također bilo uputstvo i pouka onima koji su se Allaha bojali (Al-Ma'ida, 46).
Vodeći jevreji smatrali su prilično stranim ono što je objašnjavao Isa, a. s. Pošto se Isa, a. s., nije zadržavao na zakonima koji su postali tradicionalni, pozivao ih je u Allahovu jedinost, iskrenost, bratstvo i poštenje. Iz tog razloga, jevrejski narod, koji je bio suočen sa jednim novim poimanjem vjere koje je bilo izvan uobičajenog, prilično je bio zbunjen naspram onoga što je Isa, a. s., objavljivao. U Kur'anu je na slijedeći način saopćena objava koju je svom narodu dostavljao Isa, a. s.:
A kad je Isa očita znamenja donio, on je rekao: "Donosim vam mudrost i dolazim da vam objasnim ono oko čega se razilazite. Zato se Allaha bojte i Meni se pokoravajte, Allah je moj i vaš Gospodar, pa se Njemu klanjajte, to je Pravi Put!" Ali su se stranke između sebe podvojile, pa neka iskuse nesnosnu patnju na Dan bolni oni koji o Njemu krivo govore! (Az-Zuhruf, 63-65).
Ova neuobičajenost i iskrenost u Isaovom pristupu vjeri privukla je veliku pažnju naroda i vremenom je dolazilo do povećanja broja njegovih pristalica. Isa, a. s., im je govorio da se približilo očekivano spasenje i da će uskoro izvojevati pobjedu.
Tvrdnja Rimljana da su, razapinjanjem na križ, ubili Isaa nesumnjivo svima je poznata. Prema toj tvrdnji, Rimljani i jevrejski svećenici uhvatili su Isaa, a. s., razapeli ga na križ i tako ga ubili. Upravo kršćanski svijet ovako prihvata ovaj slučaj, ali vjeruju da je, nakon smrti, Isa oživio i da se uzdigao u nebo. Međutim, pogledamo li u Kur'an, vidjet ćemo da se to nije tako desilo:
I zbog riječi njihovih: "Mi smo ubili (katelna) Mesiha, Isaa, sina Merjemina, Allahova poslanika!" A nisu ga ni ubili (ma katelehu) ni raspeli (ma salebehu), već im se pričinilo (Ŗubbihe). Oni koji su se o njemu u mišljenju razilazili, oni su sami o tome u sumnji bili; o tome nisu ništa pouzdano znali, samo su nagađali; a sigurno je da ga nisu ubili (ma katelehu). (An-Nisa', 157)
U nastavku navedenog ajeta, za Isaovu, a. s., smrt se kaže slijedeće:
Već ga je Allah uzdigao (refea) Sebi. - A Allah je silan i mudar (An-Nisa', 158).
Činjenica koju nam Kur'an saopćava sasvim je očita. Rimljani, koji su jevrejskim provociranjem pokušali ubiti Isaa, a. s., nisu bili uspješni u tome. Kur'anska formulacija "već im se pričinilo", korištena u navedenom ajetu, rasvjetljava ciljeli ovaj slučaj. Isa, a. s., nije ubijen, Bog ga je uzdigao k Sebi! Osim toga, Allah, dž. š., također skreće pažnju na činjenicu da oni koji su nastupali sa tom tvrdnjom ne posjeduju saznanja o istini.
